Noong Hulyo 9, 1964, opisyal na inirehistro ng Department of Justice ng Indonesia ang Bible Students Association, isang legal na korporasyong ginamit ng mga Saksi ni Jehova. Pero bago lubusang matamasa ng mga kapatid ang kalayaan sa relihiyon, kailangan muna nilang magparehistro sa Department of Religious Affairs. Ang ahensiyang ito ay kumokonsulta sa Directorate General of Christian Community Guidance, na may mga empleadong panatikong Protestante na galít sa mga Saksi ni Jehova.

Isang araw, nakilala ng isang brother ang isang mataas na opisyal na direktang nagtatrabaho sa ilalim ng Minister of Religious Affairs. Nalaman nilang iisang nayon lang ang pinanggalingan nila, kaya masaya silang nag-usap sa sarili nilang diyalekto. Nang mabanggit ng brother sa opisyal ang problema ng mga Saksi sa Directorate General of Christian Community Guidance, isinaayos ng opisyal  na direktang makausap ng tatlong brother ang minister, na isang palakaibigan at madamaying Muslim. Noong Mayo 11, 1968, ang minister ay naglabas ng isang opisyal na dekreto na kumikilala sa mga Saksi ni Jehova bilang relihiyon at sa karapatan nilang isagawa ang kanilang gawain sa Indonesia.

Ang mataas na opisyal ay nagkusa ring i-bypass ang Directorate General of Christian Community Guidance para makakuha ng missionary visa ang mga dayuhang Saksi. Sa tulong ng administrador na ito, 64 na misyonero ang pinapasok sa Indonesia sa sumunod na ilang taon.

Pagsapit ng 1968, mayroon nang mga 300 misyonero at special pioneer at mahigit 1,200 mamamahayag na nangangaral ng mabuting balita sa Indonesia. Talagang naging kapaki-pakinabang ang pagsasanay ng mga misyonero sa mga kapatid. Nakatulong ito sa mabilis na pagsulong nila sa espirituwal. Napapanahon ang pagsasanay na iyon dahil sa paparating na matinding pag-uusig.

Noong 1974, muling sinimulan ng Directorate General of Christian Community Guidance ang matagal nang kampanya nito na ipagbawal ang mga Saksi ni Jehova. Ang director general ng departamentong iyon ay sumulat sa bawat regional office ng Department of Religious Affairs, at sinabing hindi legal na kinikilala ang mga Saksi ni Jehova. Hinimok niya ang lokal na mga opisyal na umaksiyon laban sa mga Saksi kapag binibigyan sila nito ng “sakit ng ulo”—isang di-halatang pakana para usigin ang bayan ni Jehova. Binale-wala iyon ng karamihan sa mga opisyal. Pero sinamantala naman iyon ng iba para ipagbawal ang mga pagtitipon at pangangaral sa bahay-bahay.

Nang panahon ding iyon, nagplano ang World Council of Churches (WCC) ng isang internasyonal na pagtitipon  sa Jakarta. Itinuring ito ng mga Muslim na isang mapanghamon at agresibong pagkilos. Dahil sa tumitinding tensiyon sa pagitan ng mga relihiyon, kinansela ng WCC ang pagtitipon. Pero naging mainit na usapin ang pangungumberte sa Kristiyanismo, at ikinabahala ito ng maraming politiko. Gaya ng inaasahan, sinikap ng klero na ibunton sa mga Saksi ni Jehova ang sisi, kaya maingay silang nagreklamo laban sa pangangaral ng mga ito. Dahil dito, dumami ang opisyal na naging negatibo ang tingin sa mga Saksi.

Noong Disyembre 1975, habang patuloy na tumitindi ang tensiyon sa mga relihiyon, sinalakay ng Indonesia ang East Timor (ngayo’y Timor-Leste), dating kolonya ng Portuguese. Makalipas ang pitong buwan, nasakop ang East Timor, na nagpaalab sa damdaming makabayan sa iba’t ibang bahagi ng bansa. Nanatiling neutral sa politika ang mga kapatid at tumangging maglingkod sa militar o sumaludo sa bandila, isang paninindigan na ikinagalit ng matataas na kumander ng militar. (Mat. 4:10; Juan 18:36) Agad na sinamantala ito ng klero, at paulit-ulit silang nanawagan sa gobyerno na kumilos laban sa mga Saksi. Sa wakas, noong kalagitnaan ng Disyembre 1976, natanggap ng klero ang kanilang “pamasko”—inianunsiyo ng gobyerno ang pagbabawal sa mga Saksi ni Jehova.